●定番の変換ソフトはAozoraEpub3のようだ。
AozoraEpub3 - 青空文庫ePub3変換
http://www18.atwiki.jp/hmdev/pages/21.html
使い方はこんな感じらしい
http://the-fool.me/pc/digital/kepub-epub-kobo-touch.html
しかしAozoraEpub3はJREが必要。
●その他
電子書籍を作る
http://www.byard.jp/book/aozora_epub_convertor.html
青空文庫からダウンロードしたzipファイルを指定して、タイトルと作者を入力するだけでepubに変換してくれるサイト
なかなか便利
koboに転送するときは拡張子を .kepub.epub にする
青空文庫 (XHTML) -> ePub変換
http://naoki.sato.name/epubunco/bookmarklet.html
青空文庫からダウンロードしたXHTMLファイルを指定すると、変換してくれるBookmarklet(未確認)