第21話 置き去りの軌跡 ERASER
＜笑い男事件＞の真相を知ると思われる今来栖尚を確保すべく、全力を挙げる9課。麻薬取締局強制介入班と激しい戦闘を演じる中、立ちはだかるアームスーツを前にした草薙は、自ら囮となる―。
第22話 疑獄 SCANDAL
消息の知れなかった実の兄が生きていたとの報を受け、罠とも知らず単身招慰難民居住区へと向かう荒巻。一方で義体換装中の草薙にも忍び寄る、強制介入班残党の魔の手。そんな草薙の窮地に現れたのは、あの＜笑い男＞だった。
第23話 善悪の彼岸 EQUINOX
＜笑い男事件＞とその黒幕・薬島幹事長とを結びつける最後の線、セラノゲノミクス。9課が動き出した矢先、青いフードをかぶった人物が瀬良野社長宅を訪れる。＜笑い男事件＞の発端となった6年前の誘拐事件が、今まさに再現されようとしていた。
第24話 孤城落日 ANNIHILATION
薬島幹事長を逮捕するため総理と掛け合う荒巻。だが、既に9課壊滅のシナリオが動き出した後だった。特殊部隊規制法案の施行、そして本部の武力制圧。草薙は9課の「解散」を宣言し、それぞれに逃走・潜伏することを命じるのであった。
第25話 硝煙弾雨 BARRAGE
捕らえられていく9課のメンバーを救うため、奔走する荒巻。草薙のセーフハウスで、追っ手の待ち伏せにあうバトー。そして、窮地を救うために駆けつめるタチコマ達。多大な犠牲を払いつつも、草薙と共に脱出を図ろうとした、まさにそのとき―。
第26話（最終話） 公安9課、再び STAND ALONE COMPLEX
薬島幹事長逮捕の知らせを受け、義憤の念に駆られるトグサ。自分たちが信じてきた正義とは、いったい何だったのか。それを確かめるかのように、トグサは銃をポケットに放り込み、検察や報道陣であふれかえる与党本部に向かうのだった。
都合よすぎる展開だが、大団円
世間的にはテロ組織の９課を復活できるのかとか
村井ワクチンは使われるようになったのかとか
解決してないことだらけだけど・・・
